Özellikle insan fizyolojisi, hücre fizyolojisi ve sistem fizyolojisi üzerine yürüttüğü çalışmalarla tanınmaktadır.
Eğitim hayatını tıp ve temel bilimler ekseninde şekillendiren Kavaklı, akademik kariyerine araştırma görevlisi olarak başlamış, zaman içinde doçentlik ve profesörlük unvanlarına yükselmiştir.
Kariyer yolculuğunda farklı üniversitelerde görev alan Kavaklı; Gazi Üniversitesi’nde araştırma görevlisi olarak başladığı akademik hayatını, Başkent Üniversitesi, Hitit Üniversitesi ve Ufuk Üniversitesi gibi kurumlarda sürdürmüştür. 2018–2023 yılları arasında Ufuk Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde profesör olarak görev yapan Kavaklı, aynı dönemde dekanlık ve çeşitli akademik-idari sorumluluklar üstlenmiştir.
2023 yılından itibaren Lokman Hekim Üniversitesi Tıp Fakültesi Temel Tıp Bilimleri Bölümü’nde profesör olarak görev yapan Kavaklı, aynı zamanda bölüm başkanlığı ve enstitü düzeyinde yöneticilik görevlerini de yürütmektedir.
Akademik kariyeri boyunca eğitim programlarının geliştirilmesi, kalite süreçleri, müfredat çalışmaları ve fizyoloji alanında uzmanlık standartlarının belirlenmesi gibi birçok önemli kurul ve komisyonda aktif rol almıştır. Özellikle Sağlık Bakanlığı bünyesinde fizyoloji müfredat çalışmalarına katkı sunması, alanındaki etkisini güçlendiren önemli görevler arasında yer almaktadır.
Bilimsel çalışmalarında ağırlıklı olarak fizyopatoloji, hücre ve sistem fizyolojisi konularına odaklanan Prof. Dr. Şebnem Kavaklı, hem lisans hem de lisansüstü düzeyde çok sayıda ders vererek tıp eğitiminin yetişmiş insan gücüne katkı sağlamaktadır.
Son olarak Cumhurbaşkanlığı kararıyla Yüksek İhtisas Üniversitesi Rektörlüğüne atanan Kavaklı, akademik birikimini yönetim tecrübesiyle birleştirerek üniversiteye yeni bir vizyon kazandırması beklenen isimler arasında gösterilmektedir.
